המושבה הייחודית אבן יהודה בנויה בעצם משלוש שכונות עיקריות, שאיכשהו במהלך השנים סופחו אליה או היו חלק ממנה. אחד מן השכונות זהו באר גנים, שבהתחלה היה בכלל כפר מסביב לאבן יהודה.
ההתיישבות לא כל כך צלחה, ובמשך שנים לאחר הרבה ניסיונות הבינו שלא יקרה עוד הרבה עם המקום הזה, והוא הולך להעלם מן העין. היישוב הזה הורכב מבאר גנים א ו- ב׳. באר גנים ב׳ הייתה כמעט נפרדת מא׳ וכיום היא נמצאת באבן יהודה כשכונה לכל דבר.
שכונת באר גנים התפתחה מאוד ולכן נסגר הצד המערבי שלה, ונסלל כביש עוקף שמקשר את אבן יהודה יחד עם השכנות שלה. השכונה הזאת נמצאת בין גבעות, מצפון ומדרום, ויש בה לא מעט משקעים לעומת אזורים אחרים במושבה.
תכירו את שכונת תל צור, שכונה הנמצאת בתור אבן יהודה, ובתחילה שימש כמשק לחקלאות. השכונה הזאת גם הוקמה כשני חלקים, והיום הם מהווים שני חלקים באבן יהודה, אחד מהם הוא תל צור ב׳ שהיום קרוב לאזור התעשייה, וחלק ממנו נקרא שכונת דרוקר באבן יהודה ותל צור א׳ שהפך כלל לרחוב ושיכון במושבה.
הגיע הזמן להכיר גם את שכונת עין יעקוב בשלהי 1944 עלו לא מעט עולים מתימן, הם התגוררו בכל מני צריפים ועבדו בפרדסים, בעקבות מגפה שפרצה לה הצריפים הללו נשרפו, ובעזרת הבריטים בנו שכונה חדשה לתושבים התימנים.
לאט לאט הם החלו לבנות בתי קבע, בתי כנסת ואפילו גן ילדים, לאורכו של הרחוב הראשי (רחוב הבנים) כך, בעצם נוצרה שכונת עין יעקב הנמצאת באבן יהודה.
אין ספק שאבן יהודה, המושבה הייחודית והשכונות הקיימות בה מביאות פן היסטורי מרתק שראוי לציין ולהכיר.